Istorija mena, kad 1906 m. Ignalinoje įkurta pradinė mokykla buvo skirta geležinkeliečių vaikams. Mokykla gyvavo iki Pirmojo pasaulinio karo pradžios. 1920 m. Rytų Lietuvą okupavus lenkams, veikė lenkiška valdiška 6 skyrių mokykla. Lietuvai atgavus Vilniaus kraštą trumpai veikė ,,Ryto“ draugijos įkurta lietuviška mokykla, o šiek tiek vėliau lenkiška mokykla taip pat tapo lietuviška. Pirmosios sovietinės ir vokiečių okupacijos metais mokyklos veikė, tačiau buvo mokoma pagal sovietų ar nacių ideologiją.

1944 m. vasarą sugrįžus sovietų okupantams, progimnazija įsikūrė mūriniame pastate Vilniaus gatvėje ir buvo mokoma pagal naujas sovietines programas. 1946 m. progimnazijoje atidaromos gimnazijos klasės. Gimnazijos direktoriumi buvo Nikandras Petravičius, mokinių vertinamas kaip nepaprasta asmenybė ir talentingas mokytojas. Ignalinos gimnazijoje daugėjo mokinių, todėl dirbama dviem pamainomis, trūko vadovėlių, bet daugėjo mokytojų su aukštuoju išsilavinimu. Pokario dramos neaplenkė ir Ignalinos gimnazijos, nes buvo saugumo išaiškintos mokinių antisovietinio pogrindžio organizacijos, ryšiai su partizanais, o keli mokytojai ištremti į Sibirą. 

1949 m. ,,iš buržuazinės Lietuvos“ perimto ,,gimnazijos“ pavadinimo neliko ir mokykla vadinama vidurine mokykla su vienuolikos metų mokymu, turinčiu formuoti komunistinės ideologijos tarybinį žmogų. Daug dėmesio skiriama socialiniams mokslams, o kitų dalykų mokytojai privalėjo susieti mokomąją medžiagą su komunistų partijos programiniais reikalavimais, sovietinių švenčių progomis ir t. t. Įvairūs Lipecko ir kiti metodai turėjo padėti pasiekti šimtaprocentinį pažangumą. Mokyklos ,,reitingą“ parodydavo socialistinis lenktyniavimas pagal įvairius rodiklius, kuriame Ignalinos vidurinė mokykla dažniausiai užimdavo prizines vietas.

1961 m. mokykla persikėlė į kitame miesto pakraštyje pastatytą naują, trijų aukštų pastatą su aktų ir sporto salėmis, daugybe klasių, biblioteka su skaitykla ir šalia esančiu stadionu, sporto aikštynu ir tapo Ignalinos 1-ąja vidurine mokykla. Nuo 1972 m. steigiami dalykų kabinetai ir kabinetinė sistema išliko iki šių dienų. Mokyklai nuo 1963 iki 1990 m. vadovavo Juozas Repšys, kuris žinomas kaip puikus pedagogas ir administratorius. 1986 m. jam teko iš statybininkų priimti priestato su sporto sale raktą ir įrengti naujus kabinetus. 

Visą sovietmetį komunistinis auklėjimas buvo apėmęs visas sritis: nuo atributikos iki mokymo medžiagos nuo dėstymo metodų pamokose iki užklasinės veiklos. Susikūrė spaliukų, pionierių, komjaunuolių organizacijos, kuriose dalyvauti buvo privaloma ir tik pavieniai mokiniai atsilaikydavo prieš totalų spaudimą, nukentėdami stojant į aukštąsias mokyklas. Mokykloje buvo organizuojamos ekskursijos, turistiniai žygiai, sporto varžybos, draugystės vakarai, susitikimai su įdomiais žmonėmis ir kitos veiklas. Visada vykdavo tradiciniai renginiai: mokytojų dienos, naujametinio karnavalo, abiturientų šimtadienio, paskutinio skambučio .

Mokykloje veikė įvairūs būreliai. Literatų būreliui daugelį metų vadovavo Aldona Kruopytė ir Irena Šaltienė, kurios paskatino ne vieną mokinį pradėti kurti ir tapti žymiais poetais, žurnalistais, lituanistais. Tautinių šokių kolektyvo ilgametė vadovė Irena Leleikienė nuo 1955 m. dalyvavo visose respublikinėse Dainų šventėse su puikiai parengtais šokėjais, o vėliau net buvo viena iš šokių šventės režisierių. Pradinukus šokio žingsnelių daug metų mokė Danutė Juodkienė. Istorijos ir kraštotyros būreliui daug metų vadovavo mokytoja Ona Černienė, kurios vadovaujami mokiniai rinko tautosaką, rengė vakarones, rašė kraštotyros darbus, vienas jų – mokyklos istorija iki 1974 m. Beveik visą laikotarpį veikė dailės būrelis, vadovaujamas mokytojos Eugenijos Bulatovienės, kuriame buvo mokomasi piešti, drožti medį, rankdarbių, kilimų audimo, minkštų žaislų gamybos. Mokykloje buvo įkurtas vaikų kūrybos muziejus. Mokykla turėjo moksleivių chorą ir kitus meninius kolektyvus. Neretai susiburdavo ir mokytojai, nes pats direktorius Juozas Repšys dalyvaudavo ir palaikydavo iniciatyvą. Mokykla turėjo ne vieną dainininką solistą, gerai pasirodžiusį respublikiniame „Dainų dainelės“ konkurse. Mokytoja Irena Cicėnienė subūrė kaimo kapelą, kurioje dalyvavo ne tik mokiniai, bet ir muzikuojantys bei dainuojantys mokytojai. Buvo ir pučiamųjų orkestras, kuriam vadovavo Kazys Štreimikis. Mokykloje visada buvo populiarūs sporto būreliai – tinklinio, krepšinio, plaukimo, lengvosios atletikos, slidinėjimo ir biatlono. Ne veltui šalia mokyklos buvo pastatyta šaudykla, prie kurios statybos savo darbu prisidėjo mokiniai. Mokykla didžiavosi Sarajevo olimpinių žaidynių čempionu tapusiu Algimantu Šalna. 

Mokykla labiausiai pasikeitė po 1990 m. Kovo 11-ąją paskelbto Nepriklausomybės atstatymo. Keitėsi mokymo programos, dėstoma tikyba ir etika, nustojo veikusios sovietinės ir kūrėsi naujos ateitininkų, maironiečių ir kitos moksleiviškos organizacijos. 1993 m. Ignalinos 1-ajai vidurinei mokyklai suteiktas Česlovo Kudabos vardas. 1996 m. pradėtas statyti naujas pastatas, kuriame turėjo įsikurti pradinės klasės. Atsiradus galimybei turėti gimnaziją, grupė mokytojų parengė dalykų programas ir dokumentus, pagrindžiančius gimnazijos įkūrimo būtinumą, kuriam pritarė rajono savivaldybė ir Švietimo ministerija. 2002 m. Ignalinos rajono Tarybos sprendimu Ignalinos Česlovo Kudabos vidurinė mokykla, išleidusi 54 abiturientų laidas reorganizuota į Česlovo Kudabos pagrindinę mokyklą ir Ignalinos rajono gimnaziją. Iškilmingoje Rugsėjo 1-osios šventėje, kurią abi mokyklos šventė jau atskirai, dalyvavo Lietuvos Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus.

Ignalinos Česlovo Kudabos pagrindinėje mokykloje, kuri 2013 m. tapo progimnazija, likę dirbti mokytojai su direktore Zinovėja Luneckiene greitai numatė naujus tikslus ir uždavinius, tolimesnio darbo viziją ir misiją. Nors kiekvienais mokslo metais uždaviniai skyrėsi, bet visada buvo didelis dėmesys skiriamas ugdymo kokybei, saugiai aplinkai, sveikai gyvensenai ir sportinei veiklai. Sumažėjus mokinių skaičiui, galima buvo daugiau dėmesio skirti kiekvienam vaikui, geriau pamatyti galimybes ir tenkinti individualius poreikius, todėl reikėjo diferencijuoti mokymą. Atsirado galimybė kurti kai kurių dalykų grupes pagal gebėjimus ir tokiu būdu didinti mokymosi motyvaciją. Mokytojai vis dažniau taikė aktyviuosius mokymo metodus, vykdė projektus ir dalykų integraciją pamokose. 

2004 m. mokyklai pradėjus vadovauti direktorei Danutei Jatulei, teko atnaujinti erdves, pritaikyti naujiems iššūkiams, dėl naujų mokymo programų įgyvendinimo, bei specialiųjų poreikių turinčių mokinių ugdymo ypatumų. Buvo įkurtas metodinės literatūros kabinetas su kompiuterizuotomis darbo vietomis mokytojams. Čia mokytojai tobulino kvalifikaciją, rengė dalykinę ar mokomąją medžiagą. Mokyklos biblioteka tapo informacijos centru. Progimnazijos mokytojai dalyvavo įvairiuose projektuose. Pedagogams aktyviai bendradarbiaujant ir skatinant veiklų dermę siekta nuolatinio mokytojų profesinių kompetencijų augimo, orientuoto į progimnazijos ugdymo kokybės gerinimą ir bendruomenės telkimą, siekiant kiekvieno mokinio mokymosi sėkmės, todėl pastatas ir vidinės erdvės reikalavo atnaujinimo. Mokyklos renovacija atlikta 2004 m., dalyvaujant Mokyklų tobulinimo programoje. Mokykloje naujo pastato kabinetai aprūpinti naujais vienviečiais ir dviviečiais mokykliniais suolais, informacinių technologijų įranga, pakeistas apšvietimas. Mokyklos aplinka ir edukacinės erdvės džiugino ne tik mokyklos bendruomenę, bet ir svečius. 

Mokyklos bendruomenė siekė vertybių ir nuostatų, kuriomis vadovavosi profesorius Česlovas Kudaba. Gerų mokymosi ir veiklos rezultatų per mokslo metus pasiekę mokiniai varžėsi mokyklos „Šauniausio kudabiečio“ konkurse. 10 geriausių moksleivių ir sportininkų būdavo apdovanojami Rugsėjo 1-osios šventės metu.

Mokykloje vyko tradiciniai renginiai. Visada įspūdinga, meniška ir dalykiška mokslo metų pradžios šventė, į kurią atvykdavo rajono savivaldybės atstovai, kiti garbūs svečiai pasveikinti būsimus pirmokus ir visus progimnazijos bendruomenės narius. Mokiniai labai laukė mokytojų dienos ir nepamiršdavo surengti įspūdingos šventės savo mylimiems mokytojams. Įvairūs renginiai, pokalbiai, akcijos skiriamos vaikų teisių apsaugos savaitei. Bibliotekoje vyko Šiaurės šalių bibliotekų savaitė, kurios metu buvo skaitomos teminės kūrinių ištraukos įvairaus amžiaus mokiniams. Visada progimnazijoje buvo didelis šurmulys, laukiant Kalėdų švenčių, kai puošiamos erdvės, vyko pradinukų karnavalai su pasirodymais tėveliams, veikė Kalėdų paštas ir organizuojami renginiai vyresniųjų klasių mokiniams. Užgavėnių šventė kvepėjo skaniais blynais, persirengėliai įsiverždavo į klases. Kaziuko mugėje mokiniai parodydavo savo kūrybiškumą, dirbinius ir net juos galėdavo juos parduoti. „Jaunųjų talentų“ bei „Mažosios žvaigždutės“ dainų konkursai kasmet leisdavo atsiskleisti tiems, kas turi puikaus balso dovaną ar yra įvaldęs kitokį talentą. Žemės dienos renginiai primindavo, kad esame šeimininkai ir turime ją saugoti nuo neigiamo žmonių veiklos poveikio. Per mokslo metus būdavo kartais net kelių dalykų dienos, kai netradicinės pamokos, viktorinos, konkursai sutelkdavo klasių kolektyvus ir skatino domėtis mokslu. Visos bendruomenės šventėmis tapo pirmokų šimtadienis, kuris nuteikė optimistiškai, kad jau įveikta pirmoji mokyklinio kelio dalelė, taip pat penktokų krikštynos su išradingomis užduotimis reiškė perėjimą į pagrindinio ugdymo pakopą, mažųjų abiturientų– aštuntokų – išleistuvės, kai atsisveikinama su progimnazija. Vyko mokinių labai mėgstami sportiniai renginiai, todėl buvo rengiamos Mokyklos žaidynės, Olimpinė diena, Sporto ir sveikatos šventė. Tradiciniu tapo Česlovo Kudabos jaunųjų geografų konkursas, kuriame žinias parodydavo geriausi rajono jaunieji geografai. 

Šalia pagrindinio tikslo – pasiekti kuo aukštesnius ugdymo rezultatus – didelis dėmesys skiriamas neformaliam ugdymui, kad mokiniai galėtųatskleisti savo galimybes, gebėjimus ir tobulėtų. 

Įvairių dalykų pamokas ir mokinių popamokinę veiklą darniai papildydavo dalyvavimas skirtingų krypčių projektuose: „Drąsinkime ateitį“, „Nedelsk“, akcijose „Atmintis gyva, nes liudija“, „Darom“ ir kituose.

Vykdydami projektus mokiniai ir mokytojai bendradarbiavo ne tik progimnazijos viduje, bet iškylančius uždavinius ar problemas mokyklai spręsti padėdavo partneriai. Mokykla buvo pasirašiusi bendradarbiavimo sutartis su Ignalinos gimnazija, Visagino technologijų ir verslo profesinio mokymo centru, organizacija „Gelbėkit vaikus“, Lietuvos futbolo federacija, Ignalinos miesto seniūnija, Ignalinos užimtumo tarnyba, Vilniaus Arkivyskupijos „Caritas“, Š. Marčiulionio krepšinio mokykla, Visuomenės sveikatos biuru. Glaudus bendradarbiavimas davė gerų rezultatų. 

2002 m. įkurta Ignalinos rajono gimnazija, vėliau pavadinta Ignalinos gimnazija pradėjo darbą naujai pastatytame pastate. Pirmoji gimnazijos direktorė Birutė Smalienė subūrė darnų pedagogų kolektyvą, rūpinosi materialine baze, edukacinių erdvių įkūrimu, bendruomenės gerove, formavo gimnazijos tradicijas ir jos iniciatyva gimnazistas Jonis Rastenis sukūrė gimnazijos herbą, himnui žodžius ir muziką sukūrė Agnė Gaižutytė ir Jekaterina Smirnova. Nuo 2012 m. gimnazijai sėkmingai vadovauja Valentina Čeponienė ir tęsia pradėtus darbus.

Per du dešimtmečius gimnazija užmezgė ryšius ir sėkmingai bendradarbiauja su Švenčionėlių Mindaugo, Švenčionių Z. Žemaičio, Visagino „Atgimimo“ ir „Verdenės“, Druskininkų „Ryto“, Klaipėdos „Aitvaro“, Zarasų „Ąžuolo“, Molėtų, Kupiškio Lauryno Stuokos-Gucevičiaus, Vokietijos Biureno miesto Mauricijaus privačia gimnazija, Ignalinos „Šaltinėlio“ darželiu-mokykla, Visagino politechnikos mokykla. ir kitomis institucijomis. Per 20 metų, susiformavo tradicijos, vyksta kasmetiniai tradiciniai renginiai: Mokslo ir žinių diena, kurios metu gimnazistai Gimnaziją apjuosia gyva juosta, Mokytojų diena, gimnazijos gimtadienis, mistinis vakaras, kurio mokiniai ypač laukia, kalėdiniai renginiai įvairia tematika, Šimtadienis, Paskutinis skambutis ir Išleistuvės. Gimnazijoje taip pat minimos ir svarbios valstybei datos, ugdomas ir puoselėjamas mokinių pilietiškumas ir patriotiškumas. 

Dėmesys skiriamas ir gimnazistų ugdymui, aukšti rezultatai pasiekiami rajoninėse dalykų olimpiadose, konkursuose, sporto varžybose. Savo neeiliniais gebėjimais stebino gimnazistas  Giedrius Pakalka – „Lietuvos tūkstantmečio vaikų“ laureatas, daugkartinis įvairių olimpiadų ir konkursų nugalėtojas, gavęs net penkis šimtukus valstybiniuose egzaminuose. 

Daug dėmesio skiriama neformaliajam ugdymui. Gimnazistai pagal savo pomėgius pasirenka įvairius būrelius. Teatras „IKI“ savo spektakliais, ansamblis „Pumpurai“ skambiomis melodijomis, šokių kolektyvas „Jorutis“ smagiais šokiais džiugina ne tik miesto bendruomenę, bet ir garsina gimnaziją respublikoje bei užsienyje. 

Įdomia veikla pasižymi jaunųjų pasieniečių, paramedikų būreliai, sveiką gyvenseną propaguoja sporto būreliai, gimnazistų dvasines vertybes ugdo ateitininkų kuopa. Gimnazijoje didelis dėmesys skiriamas karjeros ugdymui, gimnazistai turi galimybę susitikti su įvairių profesijų žmonėmis, išvykti į studijų parodas, lankytis įvairiose įstaigose ir susipažinti su konkrečiu darbu. 

Dauguma gimnazijos mokytojų ir mokinių gali realizuoti save vykdydami įvairius respublikinius ir tarptautinius projektus. Savo veiklomis labiausiai žinomi projektai Comenius, „Erazmus+“, „Paskui paukščius“, Žalioji vėliava, „Mokyklos – Europos Parlamento ambasadorės“. 

Per 75-erius metus Ignalinos mokyklos išugdė daug garsių žinomų asmenybių, čia dirbo ir dirba daugybė puikių mokytojų, direktorių, kuriuos visus  paminėti nėra galimybės, o kiekvienas buvęs bet kurios mokyklos ar mokinys savo atmintyje išsaugo jam mielų ir brangių mokytojų vardus bei pavardes, didžiuojasi buvęs ar esąs šių mokyklų mokiniu.